احداث مجموعه ی فرهنگی و علمی،در حوزه علمیه قم که شامل مدرسه علمیه، مؤسسه ی فرهنگی و خیریه با نام ((مدرسه علمیه و مؤسسه ی فرهنگی صاحب الامر (عج) )) تاریخچه و فعالیت های مدرسه علمیه و موسسه تحقیقاتی صاحب الامر (عجل الله تعالی فرجه) در سال 1359 شمسی این مکان که ساختمان قدیمی داشت، توسط علامه فقیه حضرت آیت الله آقای حاج شیخ حسن صافی اصفهانی (اعلی الله مقامه الشریف)به منظور مدرسه علمیه و محل اسکان طلاب و فضلاء حوزه علمیه قم خریداری شده و در سال 1369 ساختمان قدیمی تخریب و پس از اتمام بنای جدید در سال 1373 بدست مبارک ایشان افتتاح گردید. به همراه فعالیت های قبلی قسمتی از این مجموعه به دستور معظم له به منظور تحقیق و نشر کتب ارزشمند علماء بزرگوار شیعه فعالیت خود را آغاز کرد و از آنجایی که این موسسه مزین به نام مقدس حضرت صاحب الامر (عجل الله تعالی فرجه الشریف) می باشد لذا کار خود را با کتاب شریف الملاحم و الفتن که پیرامون آن حضرت است شروع نموده تا اسم با مسمی گردد، ولی متاسفانه هنوز این کتاب به چاپ نرسیده بود که در مهر ماه 1374 با ضایعه جبران ناپذیر فقدان آن عالم بزرگوار مواجه شدیم، ولی پس از ارتحال ایشان در هیچ یک از فعالیت های این مجموعه وقفه ای ایجاد نشد و با همت و تلاش فراوان تولیت این موسسه فرزند ارشد آن بزرگوار حضرت حجت الاسلام و المسلمین جناب آقای حاج شیخ محمد صافی اصفهانی (دام عزه) فعالیت ها ادامه یافت و کتاب های نفیسی تحقیق و چاپ گردید که مورد استفاده علما و محققین و پژوهشگران حوزه های علمیه و مجامع علمی شیعه می باشد، و تعدادی از آنها نیز اکنون مراحل تحقیق و چاپ آن سپری می شود. آثار منتشره این موسسه که تاکنون تحقیق شده به ترتیب چاپ عبارتند از:

1- التشریف بالمنن فی التعریف بالفتن (الملاحم و الفتن):تالیف مرحوم سید بن طاووس در اخبار آخرالزمان.

2- الهدایه فی الاصول: تقریرات درس اصول مرحوم آیت الله العظمی خوئی (قدس سره) به قلم و حواشی علامه فقیه آیت الله آقای حاج شیخ حسن صافی اصفهانی (قدس سره) که در چهار چلد تحقیق و چاپ گردید.

3- کشف الالتباس عن موجز ابی العباس: در علم فقه، تالیف علامه مرحوم شیخ مفلح بن حسن صیمری متوفای حدود سال 900 هجری قمری

4- اجود التقریرات : تقریر درس علم اصول مرحوم آیةالله العظمی نایینی به قلم مرحوم حضرت آیةالله العظمی خویی می‌باشد. این کتاب برای دومین بار در چهار جلد در سال 1388 منتشر شده ‌است.

5- رساله فی العداله: در یک جلد به قلم مرحوم آیت الله العظمی سید محمد شریف تقوی (قدس سره(

6- شوق وصال: این کتاب ارزشمند در دو جلد شامل مجموعه درس های اخلاق و معارف حضرت آیت الله صافی اصفهانی (قدس سره) است که برای عامه مردم و طلاب اصفهان بیان نموده بودند و خوشبختانه بر روی نوار کاست ضبط شده بود و با تلاش فراوان گروهی از ارادتمندان معظم له برگردان شد و به زیور طبع آراسته گردید. این کتاب برای عموم و طالبان معرفت بسیار مفید و در نوع خود کم نظیر است و بحمدالله این کتاب تا کنون سه مرحله به چاپ رسیده و ان‌شاء‌الله به زودی سی‌دی صوتی آن در دست علاقه‌مندان قرار خواهد گرفت.

7- سعودالایام و نحوسها: این کتاب تألیف فاضل بزرگوار منصور الجیشی و به زبان عربی است . موضوع کتاب، بررسی روزهای سعد و نحس ماه های عربی و اجرای عقد و ازدواج در آن ایام است.

8- مناقب عرشیان:ترجمه ای است از کتاب مأة منقبه تألیف ابن شاذان متوفی قرن پنجم. در این کتاب یکصد حدیث در فضائل امیرالمؤمنین و ائمۀ معصومین علیهم السلام از طریق اهل تسنن گردآوری شده، که برای اولین بار توسط این مؤسسه ترجمه، و اکنون چاپ پنجم آن در اختیار علاقه مندان قرار میگیرد.

9- مجموعه نرم‌افزار فقه و اصول:این مجموعه، سلسله درس‌های فقه و اصول (دورۀ آخر) است که در اوائل سال 65 در مدرسۀ علمیّۀ صدر بازار اصفهان ایراد شده، و با امکانات محدود و با کیفیّت قدیم ضبط و نگهداری شده است، و پس از بررسی، تنظیم و پالایش اصوات و انجام مراحل تکمیلی آماده شده است.لازم به ذکر است به دلیل پایین بودن کیفیّت بعضی از نوارها، علی‌رقم تلاش وافر کارشناسان، کیفیّت آن تعداد به حد مطلوب نرسیده است، و با توجّه به عزم این مؤسّسه، تمامی جلسات موجود، به نرم‌افزار تبدیل، و ارائه شده است.

10- مدارک العروة الوثقی: یکی از کتاب‌های مشهور فقه شیعه که محور بحث‌های خارج فقه مراجع و اساتید حوزه‌های علمیه می‌باشد کتاب العروة الوثقی تألیف مرحوم سید محمد کاظم یزدی است. مدارک العروة الوثقی شرحی است بر آن کتاب که به بررسی و شرح و نقد دلایل احکام فقهی پرداخته ‌است. مؤسسه جلد سوم آن را در سال 1388 منتشر کرده ‌است.

11- غدیر: تحقیق ، ویرایش و ترجمه  مرحوم علاّمه مجلسی کتابی در تاریخ و سیره پیامبران گذشته و خاتم پیامبران به نام حیات القلوب نگاشته است. آن بزرگوار در گزارش حج رسول خدا تمام خطبه آن حضرت در غدیر خم را ترجمه کرده ‌است. آقای مصطفی واسعی، یکی از محققان مؤسسه اقدام به تحقیق و ویرایش این ترجمه از روی نسخه خطی زمان مؤلّف به صورت جداگانه کرده و با افزودن مقدمه‌ای در « لزوم امامت و زندگی‌نامه علاّمه مجلسی » و افزودن بخشی به عنوان« اعمال روز غدیر» آن را به انجام رسانده است. مؤسسه آن را با نام « غدیر، امتداد توحید » در پاییز 1388 منتشر کرده است.

12- رساله استعاذه : این کتاب تقریر درس های مرحوم آیت الله صافی اصفهانی درباره استعاذه و پناه بردن به خداوند است . بحث های کتاب شامل معنا ی استعاذه در لغت ، حقیقت استعاذه ، استعاذه در قرآن و... است.کتاب با حجم اندک خود، حاوی مباحثی دقیق و ظریف درباره استعاذه است و برای سالکان و اهل ذکر، بسیار مفید و راهگشا است.

13- غروب مهر: شمه ای از مصائب حضرت فاطمه (سلام الله علیها)- تحقیق و نشر موسسه صاحب الامر آیت الله صافی اصفهانی

14- سی سال ثمر: مرجع بزرگوار مرحوم حضرت آیـۀ الله العظمی خوئی رحمه‌الله  آثار ماندگاری  برای حوزه های علمیه شیعه به جا گذاشته‌اند. از جمله این آثار، مجموعه مسکونی فرهنگی مدینۀ العلم قم و مدرسه علمیه مشهد مقدس است که به همّت دامادشان حضرت آیۀ الله سید جلال الدین فقیه ایمانی شکل گرفته و اجرا شده است. در سی امین سال بهره برداری از این دو مجموعه، کتابی در شرح معماری آن‌ها و... نگاشته شده است. موسسه آن را در پاییز سال 1390 با ویرایش و تصحیح به صورتی نفیس و زیبا چاپ و منتشر کرده است.

15- تفسیر احسن الکلام: این کتاب تألیف استاد آیت الله شیخ محمد علی ابراهیمی است که با توجه به روایات اهل بیت( به تفسیر قرآن کریم به زبان فارسی پرداخته است . این کتاب تا اکنون سه جلد آن تحقیق و به چاپ رسیده.

16- نقد فلسفه داروین: پس از ارائه نظریه تکامل از سوی داروین و شرح و بسط آن توسط بخنر آلمانی  و راه یافتن این نظریه به جهان عرب توسط شبلی شمیّل، مرحوم آیة الله علّامه شیخ محمّد رضا نجفی اصفهانی (1362 – 1287ق) نقدی به زبان عربی در دو جلد بر آن نوشتند. سعی مؤلف بر این بوده که کتاب، متناسب با شرایط و اوضاع آن دوره باشد و از اصطلاحات و پیرایه های کلامی و درسی حوزوی به دور باشد تا همه اندیشمندان از آن استفاده کنند. سپس جلد اول آن به دست مرحوم آیة الله شیخ مجد الدین نجفی (1403 -1326ق) و جلد دوم آن توسط  مرحوم آیة الله صافی اصفهانی (1416- 1337ق) به فارسی ترجمه شد تا عموم از آن بهرمند شوند. این تذکر لازم است که ترجمه مرحوم آیة الله صافی اصفهانی در دوره جوانی و در یک ماه مبارک رمضان در شهر نجف اشرف، صورت پذیرفته است.